La chiesa sorgeva fuori le mura, all’esterno della cinta muraria. La particolarità che tutt’oggi la contraddistingue, è insita nel fatto che, era posta proprio sulla riva del mare, e la sua ubicazione, giustifica il fatto che il suo pavimento è sensibilmente inclinato. Ciò consentiva un migliore deflusso dell’acque che penetravano, attraverso la porta d’ingresso, durante il fenomeno dell’alta mare. Questo singolare fenomeno le valse l’appellativo a mare. A croce latina sormontata da una cupola a calotta emisferica centrale. Nell’abside circolare, l’unico altare riceve luce dalla cupola sferica – centrale bizantina. Le navate sono sormontate da eleganti volte duecentesche e terminano con absidi semicircolari. Il paliotto (paramento) dell’altare fu ricavato da un ricco sarcofago romano; al centro del marmo, sostenuto da due ippogrifi, fu ricavata una bellissima croce. La facciata, semplice nelle sue forme, racchiude una mezzaluna, sovrastante la porta d’accesso, all’interno della quale ancora oggi è possibile ammirare uno sfocato affresco del 300. Forse, proprio a causa della sua locazione, così esposta alle intemperie e soggetta a facili incursioni di loschi individui, la chiesa di San Giovanni a mare, non fu eccessivamente decorata con affreschi o opere di alto valore. Nei secoli successivi alla sua edificazione, tuttavia, forse anche grazie all’incremento delle donazioni e lasciti da parte dei pescatori e naviganti del posto, la chiesa ebbe altri altari; nel 1722 abbiamo: l’altare a San Giovanni Evangelista, Santa Maria del Popolo, San Rocco e San Sebastiano, i Santissimi Medici Cosma e Damiano, l’altare del Rosario, di San Giuseppe e San Gaetano. Così come per Santa Lucia, furono rimosse le decorazioni e gli arredi, nonché le alterazioni e le aggiunte che si erano formate durante i secoli. Tutt’oggi chiesa adibita al culto, priva di parrocchia e subordinata alla chiesa Cattedrale.
